Sötvattenslaboratoriet sorterar under Fiskeriverkets U-enhet, som förutom enhetschefen och ytterligare ett par personer i Göteborg, också omfattar Havsfiskelaboratoriet och dess filial i Karlskrona. Den forskningsmässiga verksamheten vid försöksstationerna i Älvkarleby och Kälarne faller inom Sötvattenslaboratoriets ansvarsområde. Laboratoriets interna organisation leds av laboratoriechefen, som till sin hjälp har en laboratorsgrupp, som i princip träffas varje vecka. Dessutom planeras verksamheten inom de åtta målområdena som presenteras nedan. Samordningen i stort sker vid tre så kallade "kvartalsmöten" där all personal deltar - även forskarna i Älvkarleby och Kälarne.
Samordningen i övrigt mellan laboratoriet i Drottningholm och de två försöksstationerna i Älvkarleby och Kälarne sker för Älvkarlebys del genom ett formalisera i samarbete mellan den drift- och ekonomiansvarige för anläggningen och den forskningsassistent som delegerats ansvaret för samordning mellan den interna och externa forskningsverksamheten. Planerna i stort diskuteras också inom samarbetsgruppen mellan Laxforskningsinstitutet och Fiskeristyrelsen och inom den nybildade gruppen för verksamhet i rinnande vatten.
Verksamheten i Kälarne drivs bl a utifrån beslut i den interna planeringsgruppen, medan integreringen i laboratoriets verksamhetsfält och samordningen med extern verksamhet sker 3 gånger per år inom de interna och externa s k Kälarnegrupperna, där laboratoriechefen är ordförande.Verksamheten i Drottningholm, Älvkarleby och Kälarne samordnas i sin tur med övrig verksamhet inom U-enheten genom en speciell ledningsgrupp under enhetschefens ordförandeskap. Övrig samordning med verksamheten inom Fiskeriverket sker genomlaboratoriets deltagande i t ex Stora sjögruppen, rådgivande grupperna för fritidsfiskefrågor och undersöknings- och utvecklingsverksamhet. Hur de sistnämnda grupperna kommer att fungera i framtiden, liksom frågetecknen kring hela Fiskeriverkets organisation och framtid, ligger i stöpsleven under första kvartalet 1991. Detta försvårar starkt både vår framtida planering och verksamhet.
Bland andra nationella organ som laboratoriet är företrätt i kan nämnas WWFs projektkommitté, Projekt Artedi, Stiftelsen Vattenbruksutveckling och Styrgruppen för kräftodling i Norrland. På nordisk bas arbetar laboratoriet dels genom direkta kontakter med fiskeriadministrationen i samtliga nordiska länder och med enskilda forskare, men också genom formella organ som Nordiska ministerrådets samarbetsgrupp för genbanksfrågor på fisk och Nordiska ålforskningsgruppen. Utom Nordensker dels ett samarbete med vissa biståndsländer dels genom de internationella organen EIFAC, ICES, ISACF och IAA. Fr o m 1991 kommer, enligt centrala direktiv, formaliserade s k utvecklingssamtal att hållas mellan laboratoriechefen och samtlig övrig personal. Metodiken ska läras ut under två kursdagar i februari 1991. Den interna informationsspridningen på laboratoriet i Drottningholm sker vid de allmänna måndagsmötena efter fast dagordning.
Göteborg: Fiskeristyrelsen , 1992. , p. 75