Denna vägledning innehåller en metod som beskriver de olika steg och bedömningar vattenmyndigheten behöver göra när miljökvalitetsnormer fastställs för ytvattenförekomster som utgör, utgör del av eller påverkar ett skyddat område. Vägledningen redogör endast för skyddade områden i form av vattenberoende Natura 2000-områden. Det vill säga områden där utpekade naturtyper respektive Natura 2000-arter är beroende av vatten och var skäl för utpekandet av Natura 2000-området.
När vattenmyndigheten fastställer miljökvalitetsnormer för ytvattenförekomster som berörs av ett skyddat område, ska de göra det på ett sådant sätt att normerna stödjer och bidrar till de bevarandemål som följer av Natura 2000-lagstiftningen.
Vattenmyndigheten ska enligt 3 kap. 2 § HVMFS 2019:25 bedöma om bestämmelserna för det skyddade området ställer särskilda krav gällande en enskild parameter eller kvalitetsfaktor. Vattenmyndigheten ska sedan fastställa miljökvalitetsnormen så att det framgår vilken kvalitetsfaktor eller parameter som är justerad med anledning av de särskilda krav som följer av det skyddade området. Detta framgår av 4 kap. 6 § HVMFS 2019:25.