I sitt regleringsbrev för år 2004 fick Fiskeriverket i uppdrag att lämna en särskild delrapport över de för år 2003 specificerade uppdragen för miljökvalitetsmålen Hav i balans samt levande kust och skärgård, Levande sjöar och vattendrag och Storslagen fjällmiljö. Fiskeriverketsredovisning omfattar inte bara de särskilt specificerade uppdragen utan också Fiskeriverkets övriga arbete för att uppnå miljökvalitetsmålen. Miljömålsarbetet under första halvan år 2004 ingår också i rapporten.
Fiskeriverket fick 1998 ett särskilt sektorsansvar för ekologiskt hållbar utveckling och skall, som ett led i detta, verka för en god fiskevård och främja den biologiska mångfalden och därmed ett rikt och varierat fiskbestånd. Målsättningarna för sektorsansvaret formulerades i rapporten Fiskeriverkets sektorsmål för ekologiskt hållbar utveckling (Fiskeriverket informerar 1999:7). Rapporten utgjorde underlag till de svenska miljökvalitetsmålen "Hav i balans samt levande kust och skärgård" och "Levande sjöar och vattendrag".
För Fiskeriverket innebär arbetet med miljökvalitetsmålen att målen så långt möjligt integreras i Fiskeriverkets arbete i sin helhet. Dessutom arbetar Fiskeriverket målinriktat med forskning och utveckling för att ta fram ny kunskap som ska ligga till grund för åtgärder som bidrar till att uppnå de delmål där Fiskeriverket har ett ansvar.