Fiskeriverket använder i allt väsentligt den redovisningsmodell som framgår av de rekommendationer som finns i ”Baskontoplan för statliga myndigheter”. En ny uppställningsform för resultat och balansräkningar tillämpas fr o m 1999. Förutom förändringarna i fondredovisningen innebär den huvudsakligen att finansiella poster redovisas i verksamheten istället för som tidigare separat, samt att posterna i balansräkningen redovisas i annan ordning än tidigare.