Budgetåret 1991/92 har för Fiskeriverkets del inneburit stora förändringar. Namnet har ändrats från Fiskeristyrelsen till Fiskeriverket. Ansvaret för fiskprisregleringen har övertagits från Statens Jordbruksnämnd. Kustlaboratoriet och undersökningsfartyget u/f Ancylus har övertagits från Statens Naturvårdsverk. Fiskenämnderna har gått upp i länsstyrelserna. Verket har samtidigt fått en kraftig anslagsminskning som bl a tvingat fram en reduktion av personalstyrkan med 20-talet personer genom uppsägningar och förtidspensioneringar. Fiskeriverket har också fått en ny instruktion och en ny styrelse. I den nya instruktionen anges ett övergripande mål för Fiskeriverket:
Fiskeriverket skall verka för en ansvarsfull hushållning med fisktillgångarna på ett sätt som långsiktigt medverkar till livsmedelsförsörjningen och vårt välstånd i övrigt.