Den 1 januari 1995 blev Sverige medlem i den Europeiska Unionen och därmed kom EU:s gemensamma fiskeripolitik att gälla även i Sverige. Den omställning detta medfört har till stor del kommit att prägla den gångna verksamhetsperioden.
Inför budgetåret 1997 har Fiskeriverkets förvaltningsanslag minskat med ytterligare 6 milj kr förutom en nedjustering på 3,6 milj kr till följd av ett nytt sätt att beräkna hyresnivån. Fiskeriverket kan endast notera att verket åter har ställts inför en kraftig besparing, samtidigt som kraven på verksamheten ökat, främst på kontrollens område, men även genom att verket fått en mer uttalad roll på miljöområdet som sektorsansvarig myndighet. I regleringsbrevet ges Fiskeriverket i uppdrag att redovisa vilka åtgärder som vidtagits eller planeras för att möta dessa besparingskrav.
I november 1996 tillsatte regeringen en utredning av den statliga fiskeriadministrationen (Översyn av fiskeriadministrationen m.m.).Utredningen har i uppgift att dels göra en översyn av fiskeriadministrationen, särskilt Fiskeriverket, mot bakgrund av de förändringar som medlemskapet i EU inneburit för verksamheten, dels föreslå åtgärder för att effektivisera FoU-verksamheten på fiskets område. Utredningen avlämnade i januari 1998 sitt slutbetänkande.